Der ehemalige Flügelspieler von Everton und Fulham traf nach einer halben Stunde, als sein abgefälschter Schuss über den Torwart der Gäste, Pau Lopez, hinweg ins untere Eck ging.
Matteo Ruggeri verschaffte Günstige Atalanta Fußballtrikots zu Beginn der zweiten Halbzeit ein Zwei-Tore-Polster, als er mit einem Rechtsschuss in die obere Ecke traf.
Der eingewechselte El Bilal Toure setzte in der Nachspielzeit mit dem letzten Schuss des Spiels den Schlusspunkt unter den Erfolg.
Nachdem die Mannschaft von Gian Piero Gasperini zum ersten Mal das Finale eines europäischen Wettbewerbs erreicht hat, trifft sie am 22. Mai im Aviva Stadium in Dublin auf das ungeschlagene Bayer Leverkusen von Xabi Alonso.
Atalanta, das in der letzten Runde Liverpool ausgeschaltet hatte, vergab in der ersten Halbzeit zahlreiche Chancen, um die Mannschaft von Jean-Louis Gasset zu überwinden.
Auch Marseille hatte zu Beginn der zweiten Halbzeit die Chance auf den Ausgleich, doch der ehemalige Sheffield United-Stürmer Iliman Ndiaye scheiterte mit seinem Lupfer über Juan Musso am Torwart.
Atalanta setzte jedoch seine Offensivbemühungen fort und Ruggeris fulminanter Treffer in der 52. Minute beruhigte die Gemüter in Bergamo.
Jordan Veretout traf mit einem Freistoß aus 40 Metern die Latte, als Günstige Olympique Marseille Fußballtrikots Kinder versuchte, wieder ins Spiel zu kommen, das im Hinspiel in Frankreich 1:1 geendet hatte.
Doch Atalanta erzielte in der vierten Minute der Nachspielzeit das dritte Tor, als der malische Stürmer Toure mit einem schönen Schuss Lopez überwand.